El tampó Tris és un tampó de pH d'ús comú que s'utilitza àmpliament en experiments de bioquímica. En les reaccions de PCR, el tampó Tris inhibeix l'activitat de la DNasa a més de mantenir l'estabilitat del pH. El seu mecanisme d'acció es manifesta principalment en els aspectes següents:
1. Canviar la conformació activa de la DNasa: el catió del tampó Tris pot unir-se al lloc actiu de la DNasa, canviant-ne la conformació i reduint així la seva activitat. Aquest mode d'acció inhibeix l'activitat de les nucleases presents al medi ambient, protegint la plantilla d'ADN de la degradació.
2. Inhibició competitiva: els cations de Tris poden unir-se competitivament a la plantilla d'ADN amb el centre actiu de la DNasa, evitant així la unió de la DNasa a la plantilla i reduint la seva activitat de degradació. Aquesta inhibició competitiva pot reduir l'activitat de la DNasa causada per les impureses del sistema de reacció.
3. Augmenta la temperatura de reacció: el tampó Tris té una bona estabilitat a altes temperatures, de manera que pot augmentar la temperatura de la reacció de PCR. La temperatura alta pot inhibir encara més l'activitat de la DNasa i millorar l'eficiència d'amplificació de l'ADN polimerasa. En combinar altes temperatures amb el tampó Tris, es poden eliminar els efectes de la DNasa i es pot obtenir un producte de PCR més pur.
